无论是野生的还是人工饲养的密西西比麝香龟，都可能会进入冬眠的状态。密西西比麝香龟虽然会冬眠，不过它们自然冬眠的时间是比较短的，大概只有2周或者3周，一般来说是不会超过1个月的。
对于野生的密西西比麝香龟来说，它会在周围的温度低于10度的时候，钻到河底的淤泥中冬眠。人工饲养的密西西比麝香龟也是同样如此，在温度低于10度的时候会冬眠，此时可以准备一些东西垫在密西西比麝香龟身体下，若是没有专门的垫材，可以在容器中垫一块布来代替。另外，最好给密西西比麝香龟营造一个潮湿一些的环境，但水不可太深了，让它们生活在浅水之中，保持水质干净就行了，水太深的话可能会导致密西西比麝香龟感冒。
